上一篇已提過The Unscrambler軟體數據處理的大概方法，現在要說明如何進行PLSR分析
進行分析前要準備2份資料：一份是樣本的光譜資料，這光譜資料是已處理過的資料，處理的方法有很多種，依實際需求選用即可。另一份是樣本的實測資料，實測資料要依所要檢測的項目來準備，以要檢測水果糖度來舉例，實測資料就是指水果糖度。當然樣本實測資料和光譜資料必需是一對一的關係，在此不討論樣本資料的有效性，後續的文章再來探討這個問題
首先分別把實測資料和光譜資料的數據剪貼到The Unscrambler的表單上，習慣上我是都把實測資料貼在光譜資料的最下方。因為Excel檔案格式的一些限制，自動儲存的光譜資料Excel檔案是以每一欄為一個樣本。以範例檔案(下圖)來看，每個光譜資料處理後的長度是920筆數據，第921筆數據位置我貼上實測數據
在The Unscrambler軟體中是以列來分隔每個樣本，和貼上的Excel檔案資料以欄來分隔不同。因此使用功能表Modify的Transform內的Transpose選項，將整個表單資料轉換方向，改變成以列來分隔每個樣本(下圖)
接下來要進行PLSR分析的相關參數設定，在功能表Modify的最下方Edit Set...選項是用來設定分析參數
按下後會跳出參數設定視窗，視窗畫面中Show sets of type:那一項會停在Variable Sets設定變量集的範圍；畫面右邊選項：Add...可以新增參數，Remove可以刪除選定的參數，Properties可以修改參數
Variable Sets這畫面裡要設定2個參數，按下設定視窗右邊的Add...會在跳出另一個設定視窗；視窗最上面Name:項目可以設定參數名稱，這裡可以使用英數或中文，或是不設定直接使用內定名稱；中間Interval (valid range is 1 through 921)設定範圍是重點，指出可設定的有效範圍，括號後面的數字和你貼上的資料數量有關。在範例檔案中光譜資料長度是920筆數據加上實測數據共921筆數據，所以可設定的範圍才會是1到921
第一個參數設定光譜變量範圍，光譜資料長度是920筆，所以設定為1-920，設定完後按OK關閉視窗
第二個參數設定分析後資料要趨向的目標，也就是實測數據。同樣按下設定視窗右邊的Add...會在跳出設定視窗，Interval (valid range is 1 through 921)那一項設定為實測數據的欄位編號，就是921，設定完後按OK關閉視窗
Variable Sets變量集範圍設定好後應該如下圖顯示2個參數
接著把參數設定視窗畫面中Show sets of type:那一項，切換到Sample Sets設定分析樣本的範圍；這一項也可以不設定，分析時就是使用預設值全部的樣本。若是希望把樣本分幾組個別分析，就可以在這裡設定分組範圍
同樣按下設定視窗右邊的Add...會在跳出設定視窗，中間Interval (valid range is 1 through 728)指出可設定的有效範圍為1到728，這是因為範例檔案只有728個樣本。因為要分析全部的樣本，這裡就設定為1-728，設定完後按OK關閉視窗
另一個設定全部樣本範圍的方法是：在底下的Special intervals中點選All samples那一項，然後按Update。在Interval (valid range is 1 through 728)那一項就會自動填上1-728的數值，設定完後按OK關閉視窗
Sample Sets設定分析樣本範圍設定好後應該如下圖顯示1個參數，然後就可以按底下的OK關閉參數設定視窗
參數都設定好之後，接著正式進行PLSR分析。在功能表Task下點選Regression...那一項
會先跳出分析參數的設定視窗。因為要進行PLSR分析，所以最上面的選項就使用內定的PLS1那一項
在視窗中的Samples那一頁中，Sample Set:那一項可以直接使用內定值All Samples，也可以選擇在參數設定視窗中Sample Sets設定的參數
在視窗中的X-variables那一頁中，Variable Set:那一項要選擇參數設定視窗中Variable Sets設定的第一個參數，設定為光譜變量範圍
在視窗中的Y-variables那一頁中，Variable Set:那一項要選擇參數設定視窗中Variable Sets設定的第二個參數，設定為實測數據
視窗中間Validation Method那邊，選擇Cross Validation那一項，使用交叉分析
視窗最底下Num PCs:使用內定的20即可；這一項數值在樣本太少時會自動縮減，在樣本很多時維持內定值20才不會計算太久
都設定完後按OK，會跳出分析進度視窗畫面。這畫面會跑多久要看資料的數量和電腦效能而定，以我電腦的效能跑完728筆樣本資料大約5分鐘，上千筆樣本資料跑個幾十分鐘很正常；在跑資料分析時可以按底下Abort，會跳出另一視窗詢問是否要中斷分析
分析完成後，分析進度視窗畫面底下Abort字樣會變更為View字樣，點選View會顯示分析結果
分析結果的視窗分成4個畫面，畫面代表什麼意義後面文章再說明
到此先將分析結果存檔，存檔時會跳出存檔視窗，這時儲存的檔案格式是The Unscrambler特有的Result格式，檔名只支援英數字，以外文字不支援
存檔視窗底下Information方框顯示分析結果的相關數據，往下捲動其中有Suggested Number of PCs:那一項，特別重要後面文章會另外說明
要先存檔的原因是根據經驗：有時因為樣本太多電腦效能不足，存檔時會跳出記憶體錯誤的訊息不給存檔。但關掉軟體重新啟動分析資料後，又可以存檔。為了避免出現錯誤時之前的分析做白工，最好是每次修正分析完就存檔
分析到此還不算完成，因為分析後的資料仍未達到可使用的階段；下一篇文章會以更多樣本的檔案來說明進一步的分析資料處理
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